Os recifes de corais, também estão presentes em Rio do Fogo e são classificados como Grupo Recifal do Cabo de São Roque, sendo os mesmos quase inexplorados cientificamente. Distante cerca de 7km da praia, com profundidade que variam entre 1,0 e 5,0 metros na baixa-mar. Os recifes de corais são constituídos por medreporários e miliporos, e os arenitos ou recifes de franja. Em relação a importância ecológica, podemos ressaltar este ecossistema como sendo área de berçário, alimentação e abrigo, apresentando uma complexa cadeia alimentar e um fluxo constante entre os diversos níveis tróficos.
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